Отважные ниндзя Кай, Ллойд и Джей летят на штурм пиратского воздушного форта - летающей "Цитадели Несчастий". Десантировавшись на палубу "Цитадели" с борта небольшого зеленого самолета, которым управляет Ллойд, Джей и Кай приступают к поиску последнего и главного артефакта клана ниндзя - золотого клинка. В поисках принадлежащего им магического оружия, самураям придется сразиться с главным пиратом - человеко-змеей Надаканом и его приспешниками - пиратами Буко, Флинлоком и злой мартышкой Ретч. В арсенале пиратов есть свой собственный разведчик, которым управляет пират-пилот Флинлок. На борту "Цитадели" находится зенитная установка, а два огромных винта, приводимых в действие мотором, могут менять свое расположение относительно плоскости крыльев. "Цитадель Несчастий" - это причудливый корабль, где бортовые компьютеры сочетаются с интерьером пиратских шхун и фрегатов XVII - XVIII веков, где под огромным черным флагом притаилась мартышка-робот с кувалдой и злобный Надакан - воплощение крылатого Зла!